يمكن استخدام الحقن المجهري عند وجود سبب يمنع حدوث الإخصاب أو يجعله صعبً ويعتبر الحقن المجهري الحل المثالي في هذه الحالات:
● التصاقات قناة فالوب الشديدة
● حالات بطانة الرحم المهاجرة
● حالات ضعف السائل المنوي الشديدة
● حالات تاخر الحمل غير معروفة السبب
و يتم الاستعانة باحدث أساليب الحقن المجهري العالمية:
● التحليل الوراثي للأجنة( PGD)
● الميكروسكوب فائق التكبير للحيوان المنوي (IMSI)
● منظار الاجنة (Embryo-scope)